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磺化Cy3是Cy3的水溶型。它的光谱性质和Cy3类似，在荧光显微镜下发橘黄色荧光。它的荧光很亮，并且对pH不敏感，一般可以用530nm～561nm的激光束激发然后用TRITC的滤片观察，所以在绝大部分荧光仪器上都可以使用。标记后，样品背景荧光一般认为比TAMRA等系列的染料低。磺化Cy3可以用来标记蛋白，抗体，多肽，核酸等各种生物分子。

马来酰亚胺(maleimide)是生物标记反应中常用的基团，它可以和巯基(-SH)通过亲和加成反应生成稳定的巯醚(thioester)结构从而实现标记。尽管胺基(比如赖氨酸精氨酸侧链)也有亲和性，但在中性或微酸性缓冲液中，马来酰亚胺选择性标记巯基(反应速度比胺基快>1000倍)。标记反应反应迅速，选择性高，产率好，另外，巯基是一种在生物分子中广泛存在的官能团，比如蛋白中的半胱氨酸(cysteine)和双硫键等，因此马来酰亚胺/巯基(maleimide/thiol)标记已成为仅次于NHS/胺基标记的最常用生物连接反应。

磺化Cy3-马来酰亚胺的水溶性极高，所以在标记反应中不需要使用有机共溶剂，特别适合标记对有机溶剂敏感的生物分子。另外磺化Cy3水溶性极好，并且染料分子本身带电荷，标记到生物分子表面后不会引发疏水性聚集，提高荧光标记产物的稳定性。磺化Cy3-马来酰亚胺也溶于甲醇，DMSO，DMF等有机溶剂，标记反应也可以在纯有机溶剂中进行

磺化Cy3-马来酰亚胺标记后的产物Ex/Em是550/566nm。和它具有相似荧光特性的染料包括TAMRA，Alexa Fluor 555，DyLight 550，BODIPY TMR-X等。

CAS号	1656990-68-9
分子式	C36H41KN4O9S2
分子量	776.96
结构式
光谱特性	Ex/Em＝550/566nm(PBS缓冲液)
消光系数	162000L·mol-1·cm-1
量子产率	0.1
外观	红色粉末
溶解性	易溶于甲醇，DMF等有机溶剂，极易溶于水
保存条件	避光，干燥，-20℃

• 磺化Cy3水溶性高，极性强，如需脂溶性标记染料，请选择普通Cy3-马来酰亚胺(YF0106)。
  
• 天然生物分子中巯基一般于氧化状态(如双硫键)存在，在马来酰亚胺标记前，务必用还原剂(如DTT，TCEP)活化巯基并除去多余还原剂。
  
• 马来酰亚胺也可以和叠氮化合物反应，应避免叠氮官能团。
  
• 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂泊。